Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej

HRRm (Homologous Recombination Repair Mutations) to badanie molekularne, które identyfikuje mutacje w genach odpowiedzialnych za naprawę DNA w procesie rekombinacji homologicznej. Rekombinacja homologiczna to jeden z mechanizmów naprawy dwuniciowych pęknięć DNA, który jest kluczowy dla utrzymania stabilności genomu. Mutacje w tych genach mogą prowadzić do gromadzenia się uszkodzeń DNA, co sprzyja rozwojowi nowotworów.

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej obejmuje badanie mutacji w genach HRR (BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, PALB2, ATM, CHEK2 i inne). Obecność mutacji w genach HRR związana jest z wczesnym zachorowaniem na nowotwory, bardziej agresywnym przebiegiem choroby, zwiększonym ryzykiem nawrotu oraz wskaźnikiem gorszego rokowania. Są również potencjalnymi czynnikami predykcyjnymi w doborze leczenia celowanego inhibitorami PARP.

Wskazania do badania

Wskazania do badania mutacji genów HRR obejmują:

• nowotwory jajnika, jajowodu i otrzewnej – wykryte mutacje w genach HRR mogą kwalifikować pacjentki do leczenia inhibitorami PARP. Obecność mutacji w genach HRR wraz z oceną deficytu rekombinacji homologicznej (HRD) mogą być narzędziem pozwalającym ocenić medianę przeżycia wolnego od progresji (PFS);
• rak piersi – szczególnie w przypadku potrójnie ujemnego raka piersi (TNBC) lub HER2-ujemnego HR-pozytywnego, gdzie mutacje BRCA mogą wpłynąć na wybór terapii celowanej. U osób z grupy wysokiego ryzyka zachorowalności ocena obecności mutacji w genach HRR (BRCA1/2, TP53, PTEN, PALB2, STK11) może być pomocna w kwalifikacji do obustronnej mastektomii redukującej ryzyko (BRRM);
• rak prostaty – mutacje HRR mogą wskazywać na skuteczność inhibitorów PARP i wpływać na decyzje dotyczące terapii celowanej w opornym na kastrację raku gruczołu krokowego;
• rak trzustki – badanie zalecane szczególnie u pacjentów z rodzinną historią nowotworów związanych z mutacjami BRCA. Pacjenci, u których wykryto zarówno somatyczne, jak
  i germinalne mutacje w genach HRR odpowiadają lepiej na leczenie związkami platyny oraz inhibitorami PARP.

Badane geny

Badanie mutacji genów rekombinacji homologicznej HRRm.

SNV, indel:

AKT1, ALK, APC, AR, ATM, ATRX, BARD1, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN2A, CHEK1, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FANCA, FANCL, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, MYC, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, POLD1, POLE, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, RAF1, RB1, RET, RICTOR, ROS1, SMAD4, SMO, STK11, TERT, TP53, VHL

Badanie CNV:

AKT1, ALK, AR, ATM, BARD1, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CDK4, CDK6, CHEK1, CHEK2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, JAK2, KIT, KRAS, MET, MYC, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAD51B, RAF1, RET, RICTOR, STK11, TERT

Wykrywane warianty genetyczne: SNV, indel, CNV, ITD, MSI

Badane mutacje

Badanie sprawdza obecność patogennej lub prawdopodobnie patogennej mutacji (germinalnej lub somatycznej) w genach HRR.

Stosowana metoda

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej przeprowadzamy metodą NGS (Next-Generation Sequencing). Proces rozpoczyna się od pobrania materiału biologicznego. Następnie, z izolowanego DNA, wykonuje się jego fragmentację i przygotowanie bibliotek. To proces, w którym dodaje się specjalne adaptery umożliwiające dalszą analizę. Wykorzystując technologię NGS, wszystkie fragmenty DNA są następnie sekwencjonowane jednocześnie, umożliwiając dokładne odczytanie mutacji w genach związanych z naprawą DNA.

Dzięki bioinformatycznej analizie wyników możliwe jest wykrycie zarówno punktowych mutacji, jak i większych delecji czy insercji, które mogą wskazywać na uszkodzenia w mechanizmach rekombinacji homologicznej. NGS pozwala na równoczesne badanie wielu genów w jednym teście, co zwiększa precyzyjność diagnostyki, skraca czas oczekiwania na wynik i ułatwia dobór odpowiedniej terapii.

Badany materiał

Badanie wykonywane jest z materiału nowotworowego utrwalonego w formalinie i zatopionego w bloczku parafinowym.

Przed pobraniem

Badanie nie wymaga wcześniejszego przygotowania. Aby uzyskać materiał biologiczny do badania, należy skontaktować się z Zakładem Patomorfologii szpitala, gdzie odbyła się operacja i poprosić o wydanie bloczka parafinowego.

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej – zastosowanie

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej jest przydatny w planowaniu leczenia substancjami czynnymi (inhibitorami PARP) takimi jak olaparyb czy talazopryb.

Leczenie powyższymi substancjami zostało uwzględnione w programie lekowym NFZ – numer programu B.9.FM; B.50; B.56; B.85

Komplementarne badania

Ocena stanu genów HRR (BRCA1, BRCA2, ATM, CDK12, CHECK2, PALB2, RAD51C) met. NGS – sprawdź tutaj

Ocena deficytu rekombinacji homologicznej HRD – sprawdź tutaj

Wielogenowy panely ginekologiczny – sprawdź tutaj

Ocena obecności mutacji germinalnych lub somatycznych w genach BRCA1/BRCA2 – sprawdź tutaj (mutacje germinalne) oraz tutaj (mutacje somatyczne)

Ocena obecności mutacji związanych z dziedzicznym rakiem piersi i jajnika – sprawdź tutaj

Źródła – literatura naukowa

1. A. Ledermann, X. Matias-Guiu, F. Amant, N. Concin et al. ESGO – ESMO – ESP consensus conference recommendations on ovarian cancer: pathology and molecular biology and early, advanced and recurrent disease. ESMO Annals of Oncology. Volume 35, Issue 3; p248-266; February 2024
   https://doi.org/10.1016/j.annonc.2023.11.015
2. González-Martín, P. Harter, A. Leary et al. Newly diagnosed and relapsed epithelial ovarian cancer: ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. ESMO Annals of Oncology. Volume 34, Issue 10; p833-848; August 2023
   https://doi.org/10.1016/j.annonc.2023.07.011
3. Sessa, J. Balmaña, S. L. Bober, M. J. Cardoso et al. Risk reduction and screening of cancer in hereditary breast-ovarian cancer syndromes: ESMO Clinical Practice Guideline.
   ESMO Annals of Oncology. Volume 34, Issue 1; p33-47; October 2022
   https://doi.org/10.1016/j.annonc.2022.10.004
4. Conroy, P. Pfeiffer, V. Vilgrain, et al. Pancreatic cancer: ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. ESMO Annals of Oncology. Volume 34, Issue 11; p987-1002; September 2023
   https://doi.org/10.1016/j.annonc.2023.08.009
5. Ruoyu Miao, Kirsten Blue, Katelyn Sommerer et al. PARP Inhibitors in Pancreatic Cancer with Homologous Recombination Repair Gene Mutations: A Single-Institution Experience.
   Cancers (Basel). 2024 Oct 11;16(20):3447.
   doi: 10.3390/cancers16203447
6. Mark D. Stewart, Diana Merino Vega, Rebecca C. Arend et al. Homologous Recombination Deficiency: Concepts, Definitions, and Assays.
   Oncologist. 2022 Jan 27;27(3):167–174. doi: 10.1093/oncolo/oyab053