Ocena stanu genów HRR (rekombinacji homologicznej) met. NGS

Ocena stanu genów HRR— opis badania

HRRm (Homologous Recombination Repair Mutations) to badanie molekularne, które identyfikuje mutacje w genach odpowiedzialnych za naprawę DNA w procesie rekombinacji homologicznej. Rekombinacja homologiczna to jeden z mechanizmów naprawy dwuniciowych pęknięć DNA, który jest kluczowy dla utrzymania stabilności genomu. Mutacje w tych genach mogą prowadzić do gromadzenia się uszkodzeń DNA, co w konsekwencji sprzyja rozwojowi nowotworów.

Test ten obejmuje badanie mutacji w genach HRR (BRCA1, BRCA2, ATM, CDK12, CHECK2, PALB2, RAD51C). Obecność mutacji w genach HRR związana jest z wczesnym zachorowaniem na nowotwory, bardziej agresywnym przebiegiem choroby, zwiększonym ryzykiem nawrotu, a także wskaźnikiem gorszego rokowania. Są również potencjalnymi czynnikami predykcyjnymi w doborze leczenia celowanego inhibitorami PARP.

Wskazania do badania

Badania molekularne – ocena stanu genów HRR (BRCA2, ATM, CDK12, CHECK2, BRCA1, PALB2, RAD51C) są wykonywane u pacjentów chorych na opornego na kastrację raka gruczołu krokowego z przerzutami (mCRPC), u których nie zachodzą kliniczne wskazania do stosowania chemioterapii.

Jest przeprowadzane w celu doboru odpowiedniej terapii celowanej (skojarzona terapia inhibitorami PARP z hormonoterapią) w ramach programu lekowego (ICD-10: C61).

Badane geny

Badanie mutacji genów rekombinacji homologicznej HRRm (BRCA1, BRCA2, ATM, CDK12, CHEK2, PALB2, RAD51C).

Test obejmuje badanie prostych mutacji (SNV, indel) w genach:
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCA, FANCL, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L

Test wykrywa mutacje typu dużych delecji i duplikacji (CNV) w genach:
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, PALB2, RAD51B

Badane mutacje

Badanie sprawdza obecność patogennej lub prawdopodobnie patogennej mutacji (germinalnej lub somatycznej) w genach HRR (BRCA2, ATM, CDK12, CHECK2, BRCA1, PALB2, RAD51C) w przypadku leczenia talazoparybem w skojarzeniu z enzalutamidem.

Stosowana metoda

Rozszerzony panel mutacji w nowotworach litych z genami rekombinacji homologicznej przeprowadzamy metodą NGS (Next-Generation Sequencing). Proces rozpoczyna się od pobrania materiału biologicznego. Następnie, z izolowanego DNA, wykonuje się jego fragmentację i przygotowanie bibliotek. To proces, w którym dodaje się specjalne adaptery umożliwiające dalszą analizę. Wykorzystując technologię NGS, wszystkie fragmenty DNA są następnie sekwencjonowane jednocześnie, umożliwiając dokładne odczytanie mutacji w genach związanych z naprawą DNA.

Dzięki bioinformatycznej analizie wyników możliwe jest wykrycie zarówno punktowych mutacji, jak i większych delecji czy insercji, które mogą wskazywać na uszkodzenia w mechanizmach rekombinacji homologicznej. NGS pozwala równocześnie badać wiele genów w jednym teście, co zwiększa precyzyjność diagnostyki, skraca czas oczekiwania na wynik i ułatwia dobór odpowiedniej terapii.

Badany materiał

Badanie wykonywane jest z materiału nowotworowego utrwalonego w formalinie i zatopionego w bloczku parafinowym.

Przed pobraniem

Badanie nie wymaga wcześniejszego przygotowania. Aby uzyskać materiał biologiczny do badania, należy skontaktować się z Zakładem Patomorfologii szpitala, w którym odbyła się operacja i poprosić o wydanie bloczka parafinowego.

Zastosowanie

Badanie HRRm jest przydatne w planowaniu leczenia substancjami czynnymi: apalutamid; darolutamid; enzalutamid; olaparyb; niraparyb + octan abirateronu; talazoparyb.

Leczenie powyższymi substancjami zostało uwzględnione w programie lekowym NFZ – numer programu B.56.

Komplementarne badania

HRD – badanie niedoboru homologicznej rekombinacji – sprawdź tutaj

Ocena obecności mutacji germinalnych w genach BRCA1/BRCA2  – sprawdź tutaj

Ocena obecności mutacji somatycznych w genach BRCA1/BRCA2 – sprawdź tutaj

Źródła – literatura naukowa

1. Mark D. Stewart, Diana Merino Vega, Rebecca C. Arend et al. Homologous Recombination Deficiency: Concepts, Definitions, and Assays.
   Oncologist. 2022 Jan 27;27(3):167–174. doi: 10.1093/oncolo/oyab053
2. Rodney J Scott, Anurag Mehta, Gabriel S Macedo et al. Genetic testing for homologous recombination repair (HRR) in metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC): challenges and solutions. Oncotarget. 2021 Aug 3;12(16):1600–1614. doi: 10.18632/oncotarget.28015
3. Andrea Leith, Amanda Ribbands, Jeri Kim et al. Real-world homologous recombination repair mutation testing in metastatic castration-resistant prostate cancer in the USA, Europe and Japan.
   Future Oncol. 2022 Mar;18(8):937-951. doi: 10.2217/fon-2021-1113. Epub 2022 Jan 19.
4. Parker, E. Castro, K. Fizazi et al. Prostate cancer: ESMO Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up.
   ESMO Annals of Oncology. Volume 31, Issue 9; p1119-1134; September 2020