Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych metodą NGS

Opis badania

Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS

Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS to badanie, które skupia się na analizie fuzji genowych wykorzystując metodę sekwencjonowania następnej generacji.

NGS (ang. Next Generation Sequencing) to nowoczesna metoda sekwencjonowania DNA i RNA, która pozwala na jednoczesne odczytywanie wielu fragmentów badanej sekwencji. NGS umożliwia kompleksową analizę materiału genetycznego komórek nowotworowych w celu wykrycia mutacji punktowych, delecji i insercji czy fuzji genów. Badanie z wykorzystaniem techniki NGS może obejmować sekwencjonowanie pojedynczych genów lub całych paneli genowych.

NGS to narzędzie nowoczesnej onkologii precyzyjnej, które umożliwia:

• kompleksową analizę molekularną nowotworu,
• ocenę czynników predykcyjnych w celu personalizacji leczenia,
• lepszą ocenę czynników prognostycznych,
• oszczędność materiału biologicznego.

Fuzja genów (rearanżacja) to proces, w którym fragmenty dwóch niezależnych genów (partnerów fuzyjnych) łączą się, tworząc jeden hybrydowy gen (gen fuzyjny). Geny fuzyjne mogą powstawać w wyniku delecji interstycjalnej oraz inwersji chromosomowej (geny partnerskie zlokalizowane są na jednym chromosomie) lub translokacji chromosomowej (partnerzy fuzyjni zlokalizowani są na różnych chromosomach). Przyczyną fuzji może być nieprawidłowe funkcjonowanie systemów naprawy DNA, błędy podczas rekombinacji DNA, bezpośrednia odległość między partnerami fuzyjnymi, czynniki stresowe (stres genotoksyczny, oksydacyjny, replikacyjny).

Fuzji najczęściej ulegają geny należące do grupy genów kinaz tyrozynowych (rzadziej serynowo-treoninowych) oraz do grupy genów czynników transkrypcyjnych. Obie grupy genów oraz ich produkty białkowe mają kluczowe znaczenie w regulacji szlaków sygnałowych w komórkach. Zaburzenia genetyczne tych procesów prowadzą do całkowitego wygaszenia genów lub nadmiernej aktywacji klasycznych szlaków sygnałowych MAPK/ERK oraz PI3K/AKT, które odgrywają kluczową rolę w transformacji nowotworowej.

Badanie Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS obejmuje analizę:

• obecności rearanżacji (genów fuzyjnych) zlokalizowanych w 39 genach: AKT1, ALK, AXL, BRAF, BRD3, BRD4, DNAJB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, ERG, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KIT, LTK, MAP2K1, MAP3K3, MAP3K8, MET, MYB, MYBL1, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX8, PDGFRA, PIK3CA, PPARG, PRKCA, PRKCB, RAF1, RET, ROS1, TMPRSS2, TRIM11;
• obecności prostych mutacji (SNV, indel) w sekwencjach kodujących 38 genów:
  AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, CYSLTR2, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, ESR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, POLD1, POLE, RET, ROS1, STK11, TP53;
• badanie delecji eksonu 14 genu MET (MET exon 14 skipping mutations);
• badanie delecji eksonów 2-7 genu EGFR (EGFRvIII).

Wskazania do badania

Analiza obejmuje fuzje genowe oraz mutacje leżące u podłoża wielu nowotworów. Ocena statusu genów uwzględnionych w tym badaniu jest przydatna w diagnostyce różnicowej, ocenie rokowania oraz ustaleniu możliwości terapeutycznych.

Rak jelita grubego (ICD-10: C18, C19, C20)

Badanie wykrywa charakterystyczne fuzje/mutacje istotne w ustaleniu rokowania oraz w doborze leczenia celowanego: BRAF, KRAS, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PIK3CA, POLD1, POLE, RET, TP53.

Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS zapewnia:

• ocenę czynników prognostycznych oraz czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapię anty-EGFR oraz terapie celowane inhibitorami BRAF – mutacje genu BRAF (szczególnie BRAF V600E).
• ocenę czynników prognostycznych oraz czynników predykcyjnych oporności na terapie anty-EGFR – mutacje w genach z rodziny RAS (KRAS, NRAS).
• ocenę czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapię z wykorzystaniem inhibitorów TRK u pacjentów RAS/BRAF wild type z prawostronną lokalizacją guza i/lub niestabilnością mikrosatelitarną (MSI-H) – fuzje genów NTRK.
• ocenę mutacji POLE/POLD1 związanych z występowaniem hipermutatorowego fenotypu CRC wiążącego się ze zwiększoną częstością delecji/insercji (mutacje somatyczne) oraz wystąpieniem dziedzicznego zespołu PPAP (polymerase proof-reading associated polyposis) charakteryzującego się występowaniem licznych gruczolaków jelita grubego, rodzinnym występowaniem CRC oraz zachorowaniem w młodym wieku, wstępne dane z badań klinicznych wskazują na korzyści wynikające z zastosowania immunoterapii u pacjentów z mutacją w genach POLE/POLD1.
• ocenę czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapie celowane inhibitorami RET – fuzje genu RET.
• test obejmuje również badanie genów często zmutowanych w raku jelita grubego (PIK3CA, TP53).

Niedrobnokomórkowy rak płuca (ICD-10: C34)

Panel obejmuje geny istotne w diagnostyce i leczeniu raka niedrobnokomórkowego płuca (NDRP), m.in.: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), KEAP1, KRAS, MET, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, RET, ROS1, STK11, TP53.

Podstawowy panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS to:

• kompleksowa ocena obecności wariantów patogennych w genie EGFR, szczególnie insercji w eksonie 20 – kwalifikacja do leczenia zgodnie z wytycznymi programu lekowego NFZ nr B.6.
• ocena statusu innych genów badanych w ramach leczenia substancjami czynnymi opisanymi w programie lekowym NFZ nr B.6 – mutacji w genie KRAS oraz fuzji ALK, ROS1.
• ocena statusu genu BRAF również w zakresie kodonu V600.
• ocena obecności mutacji w genie ERBB2 (HER2), między innymi w eksonie 20.
• ocena statusu genu MET, w tym exon 14 skipping.
• ocena czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapie celowane inhibitorami RET – fuzje genu RET.
• ocena czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapie celowane inhibitorami TRK – fuzje genów NTRK.
• ocena obecności fuzji genu NUTM1 – odrębne rozpoznanie kliniczne ze względu na szczególną biologię nowotworów z fuzją genu NUTM1 (NUT carcinoma).
• ocena obecności fuzji NRG1 – nowe możliwości terapeutyczne w leczeniu rzadkich, agresywnych postaci niedrobnokomórkowego raka płuc.
• ocena czynników predykcyjnych w immunoterapii (KEAP1, STK11).
• ocena mutacji TP53 jako czynnika predykcyjnego w leczeniu inhibitorami kinaz.

Czerniak (ICD-10: C43)

Panel obejmuje mutacje istotne w diagnostyce i leczeniu czerniaka: ALK, BRAF, CYSLTR2, GNA11, GNAQ, HRAS, KIT, MAP3K8, MET, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PRKCA, RAF1, RET, ROS1, TP53.

Badanie pomocne w diagnostyce różnicowej:

• Spitz melanoma,
• acral melanoma,
• mucosal melanoma,
• melanoma arising in blue naevus,
• melanoma arising in giant congenital naevus,
• uveal melanoma,
• meningeal melanoma.

Nowotwory złośliwe ośrodkowego układu nerwowego (ICD10 C71)

Zakres badania obejmuje m.in.: ALK, BRAF, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, H3F3A, HIST1H3B, IDH1, IDH2, MAP2K1, MAP3K3, MAP3K8, MET, MYB, MYBL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PRKCA, RAF1, RET, ROS1, TP53.

Badanie pomocne w różnicowaniu pierwotnych nowotworów OUN:

• glioblastoma, IDH-WT,
• diffuse astrocytoma, MYB- or MYBL1-altered,
• angiocentric glioma,
• polymorphous low-grade neuroepithelial tumour of the young – PLNTY,
• diffuse low-grade glioma, MAPK pathway-altered,
• diffuse midline glioma, H3 K27-altered,
• diffuse hemispheric glioma, H3 G34-mutant,
• infant-type hemispheric glioma,
• pilocytic astrocytoma,
• high-grade astrocytoma with piloid features,
• pleomorphic xanthoastrocytoma,
• chordoid glioma,
• ganglioglioma,
• papillary glioneuronal tumour,
• rosette-forming glioneuronal tumour,
• myxoid glioneuronal tumour,
• miffuse leptomeningeal glioneuronal tumour,
• multinodular and vacuolating neuronal tumour,
• extraventricular neurocytoma.

Badanie fuzji genów NTRK oraz RET niezależnie od lokalizacji guza pierwotnego

Kwalifikacja do leczenia zgodnie z wytycznymi programu lekowego NFZ nr B.144. – badanie wykonywane w przypadku:

• nowotworów miejscowo zaawansowanych, rozsianych lub których resekcja skutkować będzie ciężką chorobą, nieleczonych wcześniej inhibitorami NTRK, dla których brak jest zadowalających opcji terapeutycznych – ocena obecności fuzji NTRK;
• zaawansowanych guzów litych, gdy metody leczenia nieukierunkowane na RET przynoszą ograniczone korzyści kliniczne lub zostały wyczerpane – ocena obecności fuzji RET.