Podstawowy panel mutacji w nowotworach litych metodą NGS

Opis badania

Podstawowy panel mutacji w nowotworach litych met. NGS

Podstawowy panel mutacji w nowotworach litych met. NGS to badanie, które skupia się na analizie mutacji genowych, wykorzystując metodę sekwencjonowania następnej generacji.

NGS (ang. Next Generation Sequencing) to nowoczesna metoda sekwencjonowania DNA i RNA, która pozwala na jednoczesne odczytywanie wielu fragmentów badanej sekwencji. NGS umożliwia kompleksową analizę materiału genetycznego komórek nowotworowych w celu wykrycia mutacji punktowych, delecji i insercji czy zmianę liczby kopii genów. Badanie z wykorzystaniem techniki NGS może obejmować sekwencjonowanie pojedynczych genów lub całych paneli genowych.

NGS to narzędzie nowoczesnej onkologii precyzyjnej, które umożliwia:

• kompleksową analizę molekularną nowotworu,
• ocenę czynników predykcyjnych w celu personalizacji leczenia,
• lepszą ocenę czynników prognostycznych,
• oszczędność materiału biologicznego.

Badanie Podstawowy panel mutacji w nowotworach litych met. NGS obejmuje analizę obecności mutacji zlokalizowanych w 60 genach: AKT1, ALK, APC, AR, ATRX, BRAF, CDK4, CDK6, CDKN2A, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, MYC, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, POLD1, POLE, PTEN, RAF1, RB1, RET, RICTOR, ROS1, SMAD4, SMO, TERT, TP53, VHL.

Test ten obejmuje badanie:

• prostych substytucji (SNV),
• tandemowych duplikacji (ITD),
• kilkunukleotydowych delecji i insercji (indel),
• niestabilności mikrosatelitarnej (MSI),
• delecji i duplikacji eksonów (CNV).

Badanie niestabilności mikrosatelitarnej (MSI), jest możliwe, jeśli w materiale obecnych jest co najmniej 30% komórek nowotworowych.

Test nie obejmuje oceny fuzji genów.

Wskazania do badania

Ocena statusu genów uwzględnionych w tym badaniu jest przydatna w diagnostyce różnicowej, ocenie rokowania oraz możliwości terapeutycznych różnych chorób nowotworowych.

Rak jelita grubego (ICD-10: C18, C19, C20)

Geny wchodzące w skład badania przydatne w diagnostyce i doborze odpowiedniego leczenia raka jelita grubego (CRC) to między innymi: APC, BRAF, ERBB2 (HER2), KRAS, NRAS, PIK3CA, POLD1, POLE, TP53 oraz niestabilność mikrosatelitarna (warunkiem koniecznym do oceny MSI jest min. 30% komórek nowotworowych w badanych materiale).

Podstawowy panel mutacji w nowotworach litych met. NGS zapewnia:

• ocenę obecności mutacji określanych jako najczęstsze, wczesne zdarzenie genetyczne w rozwoju raka jelita grubego – mutacje genu APC;
• ocenę czynników prognostycznych oraz czynników predykcyjnych odpowiedzi na terapię anty-EGFR oraz terapie celowane inhibitorami BRAF – mutacje genu BRAF (szczególnie BRAF V600E) – wykrywane najczęściej w guzach zlokalizowanych prawostronnie, często współistniejące z wysoką niestabilnością mikrostaelitarną (MSI-H), charakterystyczne dla nowotworów sporadycznych;
• ocenę czynników prognostycznych oraz czynników predykcyjnych oporności na terapię anty-EGFR u pacjentów RAS/BRAF wild type w rozsianym raku jelita grubego (mCRC) – mutacje w genie ERBB2 (HER2) – wykrywane najczęściej w lewostronnych guzach okrężnicy i odbytnicy, bez cech niestabilności mikrosatelitarnej (MSS);
• ocenę czynników prognostycznych oraz czynników predykcyjnych oporności na terapie anty-EGFR w mCRC– mutacje w genach z rodziny RAS (KRAS, NRAS);
• ocenę mutacji POLE/POLD1 związanych z występowaniem hipermutatorowego fenotypu CRC wiążącego się ze zwiększoną częstością delecji/insercji (mutacje somatyczne) oraz wystąpieniem dziedzicznego zespołu PPAP (polymerase proof-reading associated polyposis) charakteryzującego się występowaniem licznych gruczolaków jelita grubego, rodzinnym występowaniem CRC oraz zachorowaniem w młodym wieku, wstępne dane z badań klinicznych wskazują na korzyści wynikające z zastosowania immunoterapii u pacjentów z mutacją w genach POLE/POLD1;
• ocenę i potwierdzenie niestabilności mikrosatelitarnej wysokiego stopnia (MSI-H) w ramach kwalifikacji do leczenia zgodnie z wytycznymi programu lekowego NFZ nr B.4.
• test obejmuje również badanie genów często zmutowanych w raku jelita grubego (PIK3CA, TP53).

Rak piersi (ICD-10: C50)

Panel obejmuje m.in. mutacje istotne w diagnostyce i leczeniu raka piersi: AKT1, AR, CDK4, CDK6, ERBB2 (HER2), ESR1, MTOR, PIK3CA, PTEN.

• Ocena czynników prognostycznych i predykcyjnych odpowiedzi na leczeni inhibitorami AKT u pacjentów z ekspresją receptora hormonalnego (HR+) i bez ekspresji receptora HER2 (HER2-) – mutacje w genach PIK3CA/AKT1/PTEN.
• Ocena mutacji i amplifikacji genu receptora androgenowego (AR) związanego z rozpoznaniem carcinoma with apocrine differentiation. Najnowsze dane literaturowe wskazują również na potencjalną skuteczność terapii ukierunkowanej z wykorzystaniem inhibitorów lub agonistów AR;
• Ocena czynników prognostycznych i predykcyjnych odpowiedzi na leczenie substancjami anty-HER2 (przeciwciała monoklonalne oraz inhibitory kinazy tyrozynowej) – zmiana liczby kopii/mutacje genu ERBB2(HER2).
• Ocena czynników predykcyjnych oporności na leczenie u pacjentów z HR+/HER2- rozsianym rakiem piersi po uprzednim leczeniu hormonalnym – zmiany liczby kopii/mutacje genu ESR1 (wtórne mutacje oporności).
• Ocena czynników predykcyjnych odpowiedzi na leczenie u pacjentów z miejscowo zaawansowanym lub rozsianym rakiem piersi HR+/HER2- w kwalifikacji do terapii celowanej zgodnie z wytycznymi programu lekowego NFZ nr B.9.FM – mutacje w genie PIK3CA.
• Ocena czynników prognostycznych i predykcyjnych leczenia raka piersi – zmiana liczby kopii/mutacje PTEN – obecność mutacji germinalnych jest silnie skorelowana z występowaniem zespołu Cowdena i zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka piersi.

Nowotwory złośliwe ośrodkowego układu nerwowego (ICD-10: C71)

Geny wchodzące w skład badania wspomagające postawienie prawidłowego rozpoznania to między innymi: ATRX, BRAF, CDKN2A, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, H3F3A, HIST1H3B, IDH1, IDH2, MAP2K1, MAP2K2, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, TERT, TP53 oraz niestabilność mikrosatelitarna (warunkiem koniecznym do oceny MSI jest min. 30% komórek nowotworowych w badanych materiale).

Badanie pomocne w różnicowaniu pierwotnych nowotworów OUN:

• glejak rozlany: glioblastoma, astrocytoma, oligodendroglioma,
• diffuse low-grade glioma, MAPK pathway-altered,
• diffuse midline glioma, H3 K27-altered,
• diffuse hemispheric glioma, H3 G34-mutant,
• diffuse paediatric-type high-grade glioma, H3-wildtype and IDH-wildtype,
• high-grade astrocytoma with piloid features,
• pleomorphic xanthoastrocytoma,
• ganglioglioma,
• rosette-forming glioneuronal tumour,
• myxoid glioneuronal tumour.