Rozszerzony panel genów fuzyjnych w nowotworach litych metodą NGS

Opis badania

Rozszerzony panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS

Rozszerzony panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS to badanie, które skupia się na analizie fuzji genowych, wykorzystując metodę sekwencjonowania następnej generacji.

NGS (ang. Next Generation Sequencing) to nowoczesna metoda sekwencjonowania DNA i RNA, która pozwala na jednoczesne odczytywanie wielu fragmentów badanej sekwencji. NGS umożliwia kompleksową analizę materiału genetycznego komórek nowotworowych w celu wykrycia mutacji punktowych, delecji i insercji, zmian liczby kopii czy fuzji genów. Badanie z wykorzystaniem techniki NGS może obejmować sekwencjonowanie pojedynczych genów lub całych paneli genowych.

NGS to narzędzie nowoczesnej onkologii precyzyjnej, które umożliwia:

• kompleksową analizę molekularną nowotworu,
• diagnostykę czynników predykcyjnych w celu personalizacji leczenia,
• lepszą ocenę czynników prognostycznych,
• oszczędność materiału biologicznego.

Fuzja genów (rearanżacja) to proces, w którym fragmenty dwóch niezależnych genów (partnerów fuzyjnych) łączą się, tworząc jeden hybrydowy gen (gen fuzyjny). Geny fuzyjne mogą powstawać w wyniku delecji interstycjalnej oraz inwersji chromosomowej (geny partnerskie zlokalizowane są na jednym chromosomie) lub translokacji chromosomowej (partnerzy fuzyjni zlokalizowani są na różnych chromosomach). Przyczyną fuzji może być nieprawidłowe funkcjonowanie systemów naprawy DNA, błędy podczas rekombinacji DNA, bezpośrednia odległość między partnerami fuzyjnymi, czynniki stresowe (stres genotoksyczny, oksydacyjny, replikacyjny).

Fuzji najczęściej ulegają geny należące do grupy genów kinaz tyrozynowych (rzadziej serynowo-treoninowych) oraz do grupy genów czynników transkrypcyjnych. Obie grupy genów oraz ich produkty białkowe mają kluczowe znaczenie w regulacji szlaków sygnałowych w komórkach. Zaburzenia genetyczne tych procesów prowadzą do całkowitego wygaszenie genów lub nadmiernej aktywacji klasycznych szlaków sygnałowych MAPK/ERK oraz PI3K/AKT odgrywając kluczową role w transformacji nowotworowej.

Badanie Rozszerzony panel genów fuzyjnych w nowotworach litych met. NGS obejmuje analizę obecności rearanżacji (genów fuzyjnych)/mutacji zlokalizowanych w 137 genach: ACVR2A, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARHGAP26, ARHGAP6, AXL, BCOR, BRAF, BRD3, BRD4, CAMTA1, CCNB3, CCND1, CD274, CIC, CRTC1, CSF1, CSF1R, CTNNB1, DNAJB1, EGF, EGFR, EPC1, ERBB2, ERBB4, ERG, ESR1, ESRRA, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGF1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGR, FOS, FOSB, FOXO1, FOXO4, FOXR2, FUS, GLI1, GRB7, HMGA2, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, INSR, JAK2, JAK3, JAZF1, KIT, KRAS, MAML2, MAP2K1, MAST1, MAST2, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, MN1, MSMB, MUSK, MYB, MYBL1, MYC, MYOD1, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NFATC2, NFE2L2, NFIB, NOTCH1, NOTCH2, NR4A3, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMBL, NUTM1, PAX3, PAX8, PDGFB, PDGFD, PDGFRA, PDGFRB, PHF1, PHKB, PIK3CA, PKN1, PLAG1, PPARG, PRDM10, PRKACA, PRKACB, PRKCA, PRKCB, PRKCD, PRKD1, PRKD2, PRKD3, RAD51B, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, SS18, SS18L1, STAT6, TAF15, TCF12, TERT, TFE3, TFEB, TFG, THADA, TMPRSS2, USP6, VGLL2, WWTR1, YAP1, YWHAE.

Wskazania do badania

Analiza obejmuje fuzje genowe oraz mutacje leżące u podłoża wielu nowotworów. Ocena statusu genów uwzględnionych w tym badaniu jest przydatna w diagnostyce różnicowej, ocenie rokowania oraz ustaleniu możliwości terapeutycznych.

Nowotwory ślinianek (ICD-10: C07-C08)

Geny wchodzące w skład badania wspomagające postawienie prawidłowego rozpoznania to między innymi: AKT1, ATF1, BRAF, CRTC1, CTNNB1, ETV6, EWSR1, HMGA2, HRAS, MAML2, MYB, MYBL, NFIB, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PIK3CA, PLAG1, RET.

Badanie pomocne w różnicowaniu:

• pleomorphic adenoma,
• sialadenoma papilliferum
• intercalated duct adenoma and hyperplasia
• carcinoma ex pleomorphic adenoma,
• adenoid cystic carcinoma,
• mucoepidermoid carcinoma,
• hyalinizing clear cell carcinoma,
• myoepithelioma and myoepithelial carcinoma,
• secretory carcinoma,
• acinic cell carcinoma,
• intraductal carcinoma,
• epithelial-myoepithelial carcinoma,
• mucinous adenocarcinoma.

Nowotwory złośliwe ośrodkowego układu nerwowego (ICD-10: C71)

Geny wchodzące w skład badania wspomagające postawienie prawidłowego rozpoznania to między innymi: ALK, BCOR, BRAF, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, IDH1, IDH2, MAP2K1, MET, MN1, MYB, MYBL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PRKCA, RAF1, RELA, RET, ROS1, TERT, YAP1.

Badanie pomocne w różnicowaniu:

• diffuse astrocytoma, MYB- or MYBL1-altered,
• angiocentric glioma,
• infant-type hemispheric glioma,
• pilocytic astrocytoma,
• high-grade astrocytoma with piloid features,
• pleomorphic xanthoastrocytoma,
• chordoid glioma,
• papillary glioneuronal tumour,
• rosette-forming glioneuronal tumour,
• myxoid glioneuronal tumour,
• diffuse leptomeningeal glioneuronal tumour,
• multinodular and vacuolating neuronal tumour,
• extraventricular neurocytoma,
• astroblastoma, MN1-altered,
• CNS tumour with BCOR internal tandem duplication.

Rak tarczycy (ICD-10: C73)

Badanie wykrywa fuzje/mutacje istotne w ustaleniu rokowania oraz w doborze leczenia celowanego: BRAF, HRAS, KRAS, NRAS, RET, TERT, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX8, PPARG, RET, THADA.

Badanie obejmuje fuzje/mutacje najczęściej wykrywane w poniższych typach histologicznych raka tarczycy:

• medullary thyroid carcinoma,
• papillary thyroid carcinoma,
• encapsulated follicular variant of PTC (FVPTC),
• non-invasive follicular thyroid neoplasm with papillary-like nuclear features (NIFTP),
• follicular thyroid carcinoma,
• high-grade follicular cell-derived non-anaplastic thyroid carcinoma,
• anaplastic thyroid carcinoma.

Badanie fuzji genów NTRK oraz RET niezależnie od lokalizacji guza pierwotnego

Kwalifikacja do leczenia zgodnie z wytycznymi programu lekowego NFZ nr B.144. – badanie wykonywane w przypadku:

• nowotworów miejscowo zaawansowanych, rozsianych lub których resekcja skutkować będzie ciężką chorobą, nieleczonych wcześniej inhibitorami NTRK, dla których brak jest zadowalających opcji terapeutycznych – ocena obecności fuzji NTRK;
• zaawansowanych guzów litych, gdy metody leczenia nieukierunkowane na RET przynoszą ograniczone korzyści kliniczne lub zostały wyczerpane – ocena obecności fuzji RET.